Las peculiares características de la cuenca baja y desembocadura del Barbadún nos inducen a pensar en un poblamiento muy amplio muy antiguo, desde el Paleolítico. La cuenca del Barbadún es durante el Paleolítico Superior el territorio de explotación de un grupo humano que vivía de la caza y la recolección y tenía su campamento base en una cueva de Arenaza. Este campamento era también un centro religioso importante s concedemos significado ritual a las representaciones de ciervas y de uro que realizaron en su interior.
Los restos mas antiguos hallados en Muskiz pertenecen a un periodo muy posterior, denominado Eneolítico - Bronce, y se remontan a finales del IV-III milenio a.C.  En este momento, aunque sigue practicando la caza y la recolección, el hombre es capaz de producir sus propios alimentos gracias a la agricultura y a la ganadería. El tránsito de una economía depredadora a una productora fue un  proceso lento, progresivo, que sin duda alguna supuso igualmente un cambio en los sistemas de organización social. Los grupos humanos vivían al aire libre, en poblados, como el que se encuentra en el Ilso Betaio (Sopuerta-Arcentales). La espiritualidad de estos grupos de poblado es patente. El culto a los muertos de la comunidad nos ha dejado construcciones funerarias al aire libre (dólmenes y túmulos, sobre todo en zonas de montaña) e inhumaciones en cuevas. De momento, en Muskiz no hemos encontrado esta dualidad de ritos funerarios (la desembocadura del Barbadún es representativa del fenómeno sepulcral en cuevas, pero la estación doménica mas cercana es la de Alen-Sopuerta) Un yacimiento muy representativo del fenómeno sepulcral en cuevas es Pico Ramos. En esta cueva de reducida dimensiones se han recuperado gran cantidad de restos humanos acompañados de objetos materiales.

A comienzos del I milenio A.C. llegan al Pais Vasco grupos humanos indoeuropeos portadores de una cultura diferente, mas evolucionad. Propagan nuevos ritos funerarios  (la incineración), difunden innovaciones tecnológicas (la metalurgia del hierro y la cerámica a torno) y establecen sus poblados sobre cerros y  altozanos que protegen mediante un cerco de piedras (castros). Estos grupos practican una economía mixta de subsistencia, insuficiente a veces para alimentar a toda la comunidad. Con la llegada de las tropas romanas a la península y sobretodo por las guerras cántabras (s.I a.C.) se difunden noticias sobre los pobladores de la cornisa cantábrica. Estrabón dio noticia sobre el modo de vida de estas tribus y por primera vez se les asignó un nombre. El grupo asentado entre los ríos Asón y Nervión, territorio que engloba a Muskiz, es el de los Autrigones.
En los comienzos de la era actual Roma desarrolló su política colonial en las Encartaciones por el deseo de los emperadores por el deseo de los emperadores Flavios y Antoninos de extenderse ámbito de influencia  a las zonas marginales del imperio. En Castro Urdiales fundaron la colonia de Flaviobriga y probablemente aprovecharon los filones de hierro del valle de Somorrostro. La mención que en el s. I a.C. hace Plinio de una montaña de hierro en la región cantábrica tal vez haga alusión  a los montes de Triano. Además, una importante vía de comunicación atravesaba las Encartaciones enlazando Flaviobriga con Pisoraca (herrera de Pisuerga, Palencia)