En los lugares estratégicos (vías de comunicación, puertos…) y vinculadas casi siempre a ermitas, ferrerías y molinos se construyeron durante este periodo numerosas casas – torre, reflejo de la gran inestabilidad social de este momento. La proliferación de torres en Muskiz está determinada por el asentamiento de los Salazar en Muñatones, quienes, controlando el territorio desde su solar, instalan a sus parientes en los diferentes barrios del municipio: Pobeña, Montaño, San Julián, Santelices, La Rigada. Estas casa-torres eran auténticos centros de explotación y administración de los recursos del entorno. La construcción más significativa de aquel periodo es el castillo de Muñatones. Para el s. XIV ya existe una entidad territorial que se llama San Julián de Musques, tal y como refleja Lope García de Salazar al hablar del reparto de los montes del Valle de Somorrostro. Este valle englobaba a dos de las diez Repúblicas que formaban las Encartaciones de Bizkaia, con órgano de gobierno en la Junta de Avellaneda. Eran los Tres Concejos (Santurtzi, Sestao y San Salvador del Valle) y los Cuatro Concejos donde además de Muskiz estaban también Ziérbena, San Pedro y Santa Juliana de Abanto. Estos siete concejos junto con la villa de Portugalete forman el Valle de Somorrostro. Las dos Repúblicas tenían delimitadas sus jurisdicciones y disponían de un territorio (de gran riqueza en hierro, pastos y bosques), los “Montes Altos de Triano”, explotados y administrados por los siete en común.
En el s. XVI la industria ferrona se transforma gracias a la implantación de la fuerza hidráulica y a la utilización del martinete. El mineral de las ferrerías vizcainas procedía del Valle de Somorrostro, de donde era transportado por vía terrestre o marítima. La importancia del mar y del río es fundamental para el concejo ya que además sirven para transportar alimentos. Muchos vecinos de Muskiz se dedican en este momento a la construcción naval y a actividades marineras; marineros, pilotos, mareantes. La cofradía de San Nicolás agrupaba al gremio de mareantes.

En el s. XVII, gracias a la actividad  comercial relacionada con el hierro, algunas familias acrecentaron su patrimonio. D. Simón de la Cuadra llegó a poseer dos ferrerías (El Pobal y Bilotxi), adquirió terrenos y repobló bosques. Gracias a sus negocios se convirtió en el hombre más poderoso del concejo, trasladando el centro de poder de San Martín de Muñatones a su residencia “La Puente”, junto al viejo astillero de San Juan. El Concejo estaba dividido en 5 cuadrillas o regimientos; La Rigada , El Valle, Memerea, Musques y Pobeña, gobernadas por regidores que se reunían  en junta en el puesto del Crucero.Podemos considerar al s.XVIII como el siglo de oro del Concejo. La entrada de los Borbones favoreció la llegada al poder de una nueva clase burocrática que con el  tiempo llegó a ennoblecerse. Un representante de esta burocracia es D. Sebastián de la Cuadra y Llanera, quien, bajo el reinado de Felipe V, detentó el cargo de “Secretario de Despacho Universal de Estado” (1736-1746). Como reconocimiento a sus servicios el rey le concedió el título de primer Marqués de Villarías. Desde su privilegiada posición favoreció los intereses familiares, llevando su postura a enfrentar a las Encartaciones con el Señorío de Vizcaya por el control sobre el transporte y la venta de hierro.