El municipio de Muskiz, tiene una superficie de 21,50 km2, se localiza en el Valle de Somorrostro, en la parte más noroeste del Territorio Histórico de Bizkaia. Limita al Norte con el mar Cantábrico, al Este con Abanto y Ziérbena y Ziérbena, al Oeste con Cantabria y al Sur con los municipios de Galdames y Sopuerta (Encartaciones).
La autovía A-8 que conecta Bilbao y Santander es el principal acceso a este municipio. También existe acceso desde Burgos, empleando carreteras comarcales y secundarias que atraviesan Encartaciones.
Se encuentra bordeado por el río Barbadún que, al desembocar en el mar, forma la ría de Pobeña y su marisma.