El de Muñatones, es el único Castillo que se conserva en Bizkaia con sus genuinas características, ya que los demás existentes por sus transformaciones, que imitan modelos ultrapirenaicos, se alejan de la tradición bizkaina que parte de las casas-torre.
El Castillo cuenta con dos recintos y una torre. El primer recinto de cuatro lados, tiene un cubo en cada ángulo y una torrecilla cuadrada que sobresale en el centro de la fachada del mediodía. El ingreso a este primer recinto se hacía por una puerta con puente levadizo sobre el foso que le rodeaba. El segundo recinto o cerca, más sencilla, tenía almenas y saeteras, aunque ahora se encuentran muy estropeadas. Para acceder a la torre central se pasa por una puerta de arco ojival (XVII) sobre la que están los tres escudos de la familia: Muñatones, Salazar y Butrón.
La torre central o del Homenaje está rematada por almenas, colocadas durante la restauración en 1949 y 1950. Le falta el patín o escalera de subida al primer piso, donde está la puerta, también ojival. En los muros de la torre se ven saeteras y algunas ventanas simples o dobles en ajimez (XVIII).
La torre es un hermético volumen de gran desarrollo vertical, ordenado en tres alturas, la primera de las cuales, ciega, se destina a bodega, la segunda, con entrada sobre patín de buena altura, donde se distribuía la cocina y las habitaciones y una tercera destinada a un gran salón.
El conjunto del Castillo, Palacio y Ermita de San Martín de Muñatones fue declarado Monumento Histórico-Artístico en 1944. La Diputación adquirió los tres edificios en 1949 para restaurarlos. En 1968 cedió el Palacio al Ministerio de Información y Turismo que lo convirtió en Hostal y Parador Nacional. En 1973 se cerró y se devolvió a la Diputación. Actualmente, ésta es propietaria del Castillo que, aunque rodeado de vallas, está abierto al público.